清水寺は元和９年(1623)に創建された真言宗寺院で、本堂は、中国人商人であった何高材(かこうざい)の寄進により寛文８年(1668)に建立された。
　平面は、桁行、梁間とも５間で、中央部の前側を外陣、後ろ側を内陣とし、周囲を吹き放しの下屋とする。屋根は入母屋造、本瓦葺である。
　清水寺本堂は、周囲を吹き放しとする平面形式や外陣の黄檗天井、下屋虹梁上の彫刻付台座など、黄檗宗寺院仏堂の独特の細部意匠を持つ建築として高い価値がある。また長崎県下における最古の密教系寺院本堂としても重要である。