神社の創祀については明らかではないが、麻賀多神社は印旛地方に十八社あり、そのうちの一社成田市台方の麻賀多神社は延喜式の小社に比定されている。これを本社、船形の麻賀多神社を奥宮としていて、当社は奥宮から勧請されたとの伝えがある。佐倉市鏑木町の麻賀多神社は、土井利勝の築城以来、城下の総鎮守として藩主・藩士・領民の信仰を集めてきた。現在の本殿は天保14年(1843)に堀田正篤(のち正睦)が再建したもので、そのあと明治20年に修理、昭和2年に屋根葺替があり、平成2、3年頃に屋根が銅板葺に変えられ、同20年にも屋根の葺替が行われている。