大神山神社奥宮は大山中腹に鎮座する。
社殿は、本殿を最も奥におき、その前に幣殿・拝殿をつらね、拝殿の左右両側に長大な翼廊をもった複合社殿である。本殿内部は素木のままであるが、正面と向拝廻りは金箔や漆などを施して飾り、幣殿の天井は花草の絵でうめるなど意匠をこらしている。
末社下山神社は、奥宮社殿を一回り小さくした規模の複合社殿である。幣殿の天井に草花の絵を描くほかは、漆や彩色などを施さず簡素なあつかいになっているが、奥宮社殿と同時期、同手法による建築である。
奥宮は境内の環境もよく、社殿は規模雄大な複合社殿で、意匠・技法もすぐれ、江戸時代後期を代表する神社建築であり、末社もあわせて価値が高い。