早雲寺は、箱根町湯本の早川、須雲川の合流点付近の早川右岸にあり、神山の熱雲泥流の上にローム層が堆積している小丘陵の中央部に位置している。境内には自然林が残されており、高本層・低水層にはヤブツバキ、シロダモ、アオキ、ヤツデ、アラカシ、トベラ、ヤブニッケイ、ヒサカキ、クスノキ、ネズミモチ、サカキ、クチナシなどの常緑広葉樹が主に生育している。草本層にもテイカカズラ、シュズネノキ、マメズタ、ベニシダ、ジャノヒゲ、キチジョウソウ、イノモトソウ、などの常緑植物が生育している。また、ヒメハルゼミ(箱根町指定天然記念物)の生息地でもある。