佐敷城跡は、豊臣秀吉の九州平定に伴い天正１６年（１５８８）に芦北地方を含む肥後半国１９万石の領主となった加藤清正が、島津氏に備えるべく薩摩・肥後国境防備のための「境目の城」として築城したものと考えられる。天正１５年（１５９２）、島津家家臣梅北国兼に一時占拠された梅北一揆の地であり、慶長５年の関ヶ原の戦に際しても西軍島津氏の攻撃を受けた。関ヶ原の戦後、清正は肥後一国５１万石の領主となり、佐敷城跡は肥後国内の有力支城として整備されたが、元和元年（１６１５）の一国一城令により廃城となった。寛永１５年（１６３８）に細川氏により、前領主加藤氏の破城が不十分であったため、改めて石垣を撤去したことが知られる。本丸を中心に、その南に階段状に二の丸及び三の丸郭、尾根沿いに出丸郭を設ける、城下町と薩摩街道が走る城山東側を大手とし、枡形虎口を備えた城門が３つ連続する。本丸・二の丸・三の丸は総石垣造として注目され、特に大手側（東側）は高石垣を築造する。「天下泰平国土安穏」銘鬼瓦、桐紋入鬼瓦、Ⅲ期石垣に伴う「慶長十二年丁未」銘軒平瓦をはじめ多量の瓦が出土し、破城の状況もよく確認された。近世初頭頃の政治・軍事を理解するうえで重要な遺跡である。

九州西部を縦断する旧国道，佐敷太郎峠に穿たれた長４３４ｍの煉瓦造隧道。半円アーチ状の坑口を有し，両端坑門の壁面をフランス積，楯状迫石，笠石，帯石，ピラスターを江戸切仕上げの石材で積む。自然景観の中で，明治期近代幹線道路の姿を今に伝えている。

米蔵とその前方の菜園を除いた敷地主要部分の四周を区切る。瓦葺の板塀で，正面及び東側面では一段高く築く。正面では，漆喰壁と腰部下見板張りが表門をはさんで延べ約３０メートルにわたって連続し，屋敷の正面構えを構成する重要な要素となっている。

味噌蔵の北背後，篭部屋との間に開いた門で，主屋台所脇の作業庭に通じる。棟門形式，桟瓦葺の簡素な構えだが，間口を大きく取り，幅広の板戸を片開きとするなど，物品の搬出入や車輌の出入りの便を考慮した特徴ある造りとなっている。