長命寺は、琵琶湖に面する長命寺山の中腹に境内を構える天台系寺院である。永正１３年（１５１６）の兵火で伽藍を焼失し、現在の諸堂は、その後に再建されたものである。
　三仏堂は天正年間（１６世紀後期）の建立と考えられ、釈迦・阿弥陀・薬師の三尊を安置する。入母屋造、檜皮葺の屋根は勾配を強めて棟高を際立たせる。護法権現社拝殿は永禄８年（１５６５）建立で、三仏堂西に渡り廊下で繋がる。当寺開山とされる武内宿禰(たけのうちのすくね)を祀る本殿の拝所である。いずれも室町末期の兵火からの復興を示し、観音霊場巡礼寺院の伽藍を構成する建築として貴重である。