江戸時代初期、有川湾では鯨組による鯨漁が始まり、周辺の村々の発展に寄与しました。
当時は、「鯨一頭獲れれば七浦潤う」と言われたように鯨がもたらす収益は莫大なものでした。明治に入ると、漁場は徐々に近海から遠洋（南氷洋等）へ推移し、江戸時代から捕鯨に従事していた上五島の人々も捕鯨船に乗組員として従事するようになります。
鯨賓館ミュージアムは、これらの歴史を紹介するとともに本町出身の第五十代横綱佐田の山関に関する資料を中心として2004年にオープンいたしました。
近年は、世界文化遺産の構成資産「頭ヶ島の集落」（2018年記載登録）、数多くの教会堂建築（国指定重要文化財）に関わった本町出身の建築家鉄川與助、日本遺産「国境の島」（2015年認定）などの資料を新たに展示し、新上五島町の歴史を学べる施設となっています。