原城跡は、禁教初期に有馬領のキリシタンが蜂起した「島原・天草一揆」の主戦場となった城跡である。一揆は、全国的に禁教政策が推進される過程で起こった出来事であり、江戸幕府に大きな衝撃を与えた。それは、幕府が宣教師の潜入の可能性のあるポルトガル船の来航を禁止し、2 世紀を越える海禁体制を確立する契機となるとともに、宣教師不在の下に潜伏キリシタンが長期間にわたって自らの信仰を密かに継続する重要な契機をももたらした。