野崎島の集落跡は、19 世紀以降に潜伏キリシタンが神道の聖地へと移住することにより、自らの信仰を継続しようとした潜伏キリシタンの集落の遺跡である。外海地域から海を渡った潜伏キリシタンは、五島列島一円から崇敬を集めていた沖ノ神嶋神社の神官の居住地のほかは未開地となっていた野崎島の中央部及び南部の２ヶ所に移住し、神社の氏子となることにより在来の神道への信仰を装いつつ、密かに潜伏キリシタンとしての信仰を続けた。戸主である男性は氏子としての役職を務める必要があったため、女性が潜伏キリシタンの信仰の指導者となった。野崎島の潜伏キリシタンは、キリスト教解禁後にカトリックへと復帰し、２つの集落のそれぞれに教会堂を建てた。