頭ヶ島の集落は、禁教期の潜伏キリシタンが病人の療養地として忌避された島へと移住することにより、密かに信仰を継続しようとした潜伏キリシタンの集落である。外海地域から中通島の鯛ノ浦地区へと渡った潜伏キリシタンは、仏教徒の開拓指導者の下に無人島であった頭ヶ島へと入植し、閉ざされた環境下で密かに潜伏キリシタンとしての信仰を継続した。信徒発見後は、海に向かって開けた谷間の奥に「仮の聖堂」を建てた後、地元で産出する砂岩を多用した教会堂へと建て替えられた。