久賀島の集落は、潜伏キリシタンが藩の開拓移民政策に従い、未開拓地に移住して自らの信仰を継続しようとした潜伏キリシタンの集落である。外海地域から久賀島へと移住した潜伏キリシタンは在来の仏教集落から離れた場所に集落を形成する一方、漁業又は農業に伴う作業をともに行うことで仏教集落の住民とも互助関係を築き、密かに潜伏キリシタンとしての信仰を継続した。1865 年の大浦天主堂における「信徒発見」の後、久賀島の潜伏キリシタンは最後の弾圧を乗り越えてカトリックへと復帰し、各集落に新たに教会堂を建造した。