774年に開創された寺を、1206年に明恵上人が中興し、高山寺と改称したものである。中興当初は金堂、阿弥陀堂、十三重塔、東西経蔵等が建ち並んでいたが、その後中世の戦乱期に荒廃し、江戸時代に入った1634年に再興された。 　明恵上人時代の唯一の遺構である国宝石水院は、13世紀前半に建てられた住宅風建築であり、庇を縋破風で処理する手法などは鎌倉時代建築の面影を伝えている。記録によれば、1519年、1637年に屋根葺替が行われ、近代には、1889年に現在の位置に移築、1930年に解体修理、1952年及び1969年に屋根葺替が行われている。 　自然と調和した建築である石水院は、訪れる者に安堵感を与え、日本人にとっての日本文化のひとつの理想像を示すものでもある。 　石水院の他、宝篋印塔、如法経塔が重要文化財建造物に指定されている。