古代における分水嶺に対する信仰を祭祀の起源とする神社で、遅くとも698年には降雨祈願をした記録がある。12世紀には神仏習合によって神社の祭神が地蔵菩薩の垂迹とされ、重視されてきた。吉野水分神社社殿は本殿・拝殿・弊殿・楼門・回廊からなり、1604年に再建されたもので、その中でも本殿は、当時流行した装飾豊かな建築の典型である。