古代における金をはじめとする鉱物に対する信仰を祭祀の起源とする神社で、吉野水分神社とともに「吉野」が信仰の山となる端緒をなした。また、修験道の興隆に伴い峰入の際に行者が通過すべき四つの門が定められたが、金峯山寺銅鳥居を第一の「発心門」とし、第三第四の「等覚門」「妙覚門」が山上ヶ岳に置かれ、当社の社前に第二の「修行門」にあたる鳥居が建てられて、重要な拠点とされた。文献上の初出は852年である。