種月寺は文安三年（一四四六）に開創したと伝える曹洞宗の古刹で、耕雲寺（村上市）、慈光寺（村松町）、雲洞庵（塩沢町）とともに越後四か道場のひとつとされた。
　現在の本堂は、新潟県を中心として活躍した出雲崎大工によって元禄十二年に建てられた。間口二十四メートルの規模の大きい建物で、平面は八室構成になり、前面に土間を設けるなど、曹洞宗本堂の特徴をよく示している。柱は角柱で太く、強固な構造をもつ。また、背後には文化十年（一八一三）建立の開山堂が附属している。
　この本堂は全般的に改造が少なく、保存状況がよい。越後における曹洞宗本堂の代表例として貴重である。