小笠原群島は、我が国では数少ない海洋島である。小笠原群島は、伊豆・小笠原海溝と小笠原トラフに挟まれた小笠原海嶺が海面上に現れたところであり、小笠原群島の基盤を構成する岩石は、約５,０００万年前から２,０００万年前にかけての海底火山噴出物とそれに伴う砂岩や石灰岩などの堆積層から構成されている。小笠原の父島の南西海域に位置する南島一帯、母島の石門山一帯等では石灰岩上に発達したカルスト地形が見られる。中でも小笠原父島の南西海域に位地する南島一帯には石灰岩の島々、岩礁が点在する沈水カルスト地形が発達し、独特な景観を見ることができる。南島は南北に約１．５ｋｍ、東西に約４００ｍの無人島である。周辺の岩礁とともに、南島はラピエという鋭く尖った石灰岩の溶食地形で覆われている。島の中央部には扇池と呼ばれる天然橋で外洋と繋がったドリーネに砂浜が成立し、ビーチロックも発達する。南島内部の砂丘には、１,０００〜２,０００年前に絶滅したヒロベソカタマイマイの化石が数多く見られる。小笠原南島の沈水カルスト地形は、カルスト地形の典型を示すとともに小笠原群島の成立を語るうえでも重要である。