永禄９年（1566）の「信濃高郡小菅山元隆寺之図」に講堂が描かれていて、講堂の近くには鐘楼や金堂があった。いったんは甲斐武田氏の兵火で失ったが、天和２年（1682）の「領内寺社領並由緒書差出帳」には、講堂の存在が記されている。元禄10年（1697）に松平忠喬が講堂を修復したという記録とつきあわせると、松平時代（1639～1705）に再建されたことを伺わせる。現存する寄棟造りの講堂は寛保元年（1741）に再建されたものという。