三尾神社は，古くは園城寺南院の鎮守社で，同寺境内の南西側に所在していた。明治初期の神仏分離に伴い，境内の外側に移転し，三尾神社として独立した。
本殿は応永３３年（1426）に建立された。三間社流造の形式で，屋根は檜皮葺とする。全体に装飾を抑えた簡素な意匠であるが，木太い軸部構成，舟肘木の曲線形状，反りの強い垂木などに，中世建築の特徴がよくあらわれている。
三尾神社本殿は，室町中期に遡る年代が明らかな三間社流造本殿である。木太い軸部や簡素な意匠による古風かつ雄大な形態であり，我が国の神社建築の展開を理解する上で，高い価値を有している。同じ鎮守社の新羅善神堂と親近性が強く，園城寺の室町再興期の様相を示す建築としても重要である。