十二社神社本殿は、奈良県大和高田市の東北部、近世以前は多武峯の社領であった藤森地区に位置する。地区の旧村社で、創立や由緒は詳らかでない。本殿は細部意匠や部材の加工痕跡等から室町時代中期の建立と推定できる。一間社隅木入春日造で、規模や、庇柱を手挟で納める点など、奈良県南部に分布する同型式の中世の神社本殿との類似性が認められる。奈良県内における中世建立に遡る神社本殿として、歴史的に重要である。