スイス、ベルンの近郊ミュンヘンブーフゼーに生まれる。ミュンヘンの美術学校に学び、イタリア旅行とスイスへの帰郷ののち、再びミュンヘンに移住。1911年以降、カンディンスキーを代表とする「青騎士」の画家たちと交友する。1914年、アウグスト・マッケらとともにチュニジアに旅行し、北アフリカ独特の色彩に目覚める。これ以後、色彩がクレーの重要な造形主題となる。第一次世界大戦にドイツ兵として従軍した後、戦後まもなくの1921年に総合的な造形芸術のための学校バウハウスのためにグロピウスにマイスターとして招かれ、のちにデュッセルドルフ美術学校　の教壇にもたった。1931年、ナチスの台頭に伴い辞職を余儀なくされ、1933年にはベルンに隠棲。晩年の大病を克服し、生涯を通じて9000点を超える作品を残した。ロカルノ近郊ムラルトで没。音楽や詩文学にも造詣が深く、音楽言語の造形的展開や歌劇の主題化、文学性の高いタイトルが、彼の造形世界に詩情的な豊かさを与えている。