遺愛女学校は，明治15年２月，函館市元町のハリストス正教会の隣地に創立され，明治後期に現在地へ移った。本館は，重要文化財となっている旧宣教師館と同じく明治41年の竣工で，設計はガーディナーによる。
　木造２階建で，正面中央に車寄付玄関を設け，翼部と円形突部を加え，変化に富んだ構成になる。特徴的な旧講堂の空間構成など，内外とも意匠的に優れている。
　遺愛学院（旧遺愛女学校）本館は，北海道における木造学校建築の代表作のひとつとして高い価値がある。また，設計者を含め建設経緯が明らかで，明治後期学校建築の指標となる遺構としても重要である。
　建設関係文書計４点も附指定として保存を図る。