大谷派本願寺函館別院は、明治40年の函館大火で堂宇を焼失した後に、当時帝室技芸員であった伊藤平左衛門九世の設計により鉄筋コンクリート造で再建された寺院建築である。本堂は大正4年11月に竣工し、正面が33メートルと大規模で、平面は典型的な真宗本堂形式としている。
　大谷派本願寺函館別院は、鉄筋コンクリート造建築の初期の遺構であり、鉄筋コンクリート造で伝統様式を再現した我が国で最初の寺院建築として高い歴史的価値がある。また、耐火建築として、その後の函館市街地への不燃建築普及の契機となったもので、深い意義が認められる。