長崎奉行は幕府老中直属の遠国【おんごく】奉行の一つで、直轄領長崎を支配した。長崎は鎖国体制下で海外へと開かれていた都市であったため、その職掌は都市長崎の行政のみならず、貿易統制や外交交渉、長崎警衛、切支丹【きりしたん】禁圧等も担い、西国大名領に対する監察権も付与されていた。政庁である長崎奉行所は、火災などにより幾度か場所を移しているが、延宝元年（一六七三）以降は立山【たてやま】役所と西役所の二か所に置かれた。そして、長崎奉行の支配に伴い作成・収受された資料は、奉行所の御用部屋や宗門蔵等に保管された。
　重要文化財となる長崎奉行所関係資料は、原則としてこの長崎奉行所保管になる資料群である。長崎奉行所で保管されていた資料は、慶応四年（一八六八）一月に最後の長崎奉行河津伊豆守祐邦【かわづいずのかみすけくに】が長崎を脱出した後、長崎会議所の掌握下に置かれた。その後明治政府によって長崎裁判所が設置され、さらに長崎府、長崎県が設置されるに伴い、長崎奉行所に保管されていた資料も引き継がれ、明治期には県庁において現用で引き続き活用された。大正八年（一九一九）にこれらの資料は一括して県立長崎図書館へ移され、同館において長く保存公開されてきた。そして現在は長崎歴史文化博物館で一般に公開されている。
　なお、原則として長崎裁判所が設置され明治政府により長崎奉行所の機能が接収される慶応四年二月までを重要文化財の対象とし、後述する浦上【うらかみ】四番崩れ関係の資料についてはその内容の連続性・重要性から明治初期の資料までを含むこととする。
　長崎奉行所関係資料の内容…