明治九年（一八七五）に竣工した木造二階建の建物で、明治政府が諸官庁の建築工事を管掌させた工部省営繕局の設計になる。明治四四年屋上の時計台を撤去するなど、規模を縮少して移築、さらに昭和四四年現在地（理学部付属植物園）に移築されている。
明治一〇年東京開成学校、東京医学校を毋胎として東京大学がつくられたが、この建物は大学発祥の由緒をもつものとして、学校教育史上価値高く、また、工部省営繕局設計の木造建築の重要な遺例である。