羽黒山は，月山，湯殿山とともに出羽三山と呼ばれ，古来より，山岳修験の霊場とされてきたところである。三神合祭殿は，その中心建築で，山頂に近い平坦地，御手洗池に南面して建っている。鐘楼は，三神合祭殿の東南に位置している。
　三神合祭殿は後方にある本殿と，前面の拝殿が一体となった複合建築である。文化８年(1811)の焼失後，文政元年（1818）八月に完成したことが棟札より明らかである。鐘楼は記録から最上家信によって，元和４年(1618)に建てられたとわかる。
　三神合祭殿は，近世初期以来の特異な形式を伝える，類例の数少ない修験関係の建築として貴重である。また，拝殿の壮大な内部空間や，華やかな装飾など，近世末期の大建築としても価値がある。鐘楼は木割の太い雄大な建築で，羽黒山における，近世初期の意匠を伝える遺構として重要である。