百済寺は，鈴鹿山脈の西山腹に位置する天台宗寺院で，湖東三山の一つとして知られている。
　本堂は，天海の高弟亮算が再建に着手，慶安３年(1650)に完成した。桁行５間，梁間５間，背面張出付で，屋根は入母屋造，檜皮葺，正面軒唐破風付である。平面は梁間方向に前方から外陣，内陣，後陣に三分割されている。
　百済寺本堂は，中世以来の伝統的な仏堂形式に則って，内陣と外陣の対比的な空間秩序を保持しながら，平面的にも造形的にも近世らしい平明な構成を創りあげており，価値が高い。
　中世以来の仏堂形式が変容する過程で，近世的な特質を顕現した代表的な遺構として，貴重である。