長野県南部の伊那谷の南に位置する，標高４２０～４３８ｍの比較的平坦な低位段丘上に所在する。この遺跡の発掘調査は，昭和５２年から始められ，奈良・平安時代の官衙的性格を有する遺跡として注目された。飯田市教育委員会では，この遺跡の重要性に鑑み，昭和５８年から７４次にわたり，遺跡の範囲と内容を確認するための発掘調査等を実施してきた。
　その結果，正倉，正倉区画溝，郡衙の北限とみられる溝，祭祀跡などの諸遺構を検出した。正倉区画溝は，北東側は未確認であるが，長辺２１５ｍ，短辺１５０ｍで，北側にある高岡第１号古墳を避けて台形を呈し，内側の遺構はⅠ期が７世紀後半，Ⅱ期が８世紀前半，Ⅲ期が８世紀後半から９世紀代，Ⅳ期が９世紀末から１０世紀前半の４期にわたって変遷をしていた。一方，正倉域から南西２５０ｍのところに，「恒川(ごんがわ)清水(しみず)」と呼ばれている地点がある。周辺からは，祭祀遺物の出土が確認され，律令的な祭祀がおこなわれたとみなされている。ちなみに当地は現在においても，地域住民によってお祭りがおこなわれている。
　出土遺物としては，多数の土器，和同開珎(わどうかいちん)銀(ぎん)銭(せん)，緑釉(りょくゆう)陶器(とうき)，中でも陶(とう)硯(けん)の存在が注目され，祭祀跡からは，人形(ひとがた)，馬形(うまがた)，斎(い)串(ぐし)などが出土している。
　恒川官衙遺跡は，確認された遺構や遺物のあり方，文献史料等から，伊那郡衙(いなぐんが)（郡家(ぐうけ)）の可能性が高い重要な遺跡である。