大和三山は奈良盆地の南部に位置し、香具山（１５２．４ｍ）、畝傍山（１９９．２ｍ）、耳成山（１３９．７ｍ）の３つの独立小丘陵から成る。香具山は多武峰から北西に延びる支稜線が浸食により切り離され、独立丘陵として残存したもので、畝傍山と耳成山はそれぞれ沖積盆地底に位置する円錐形のいわゆる死火山である。
３つの山は古来、有力氏族の祖神や産土神など、この地方に住み着いた神々が鎮まる山として神聖視され、その頂部や麓に『日本書紀』に記す天香具山社、『延喜式』の式内社である畝火山口坐神社、耳成山口神社などが祀られてきた。
また、高市皇子（６５４〜６９６）の香具山宮や推古天皇（５５４〜６２８）の耳梨行宮など皇宮の造営地ともされ、特に『万葉集』の「藤原宮の御井の歌」と呼ばれる有名な長歌からは、６９４年に持統天皇（６４５〜７０２）が造営した藤原宮は大和三山に囲まれた平地に位置したことが知られる。『続日本紀』に記す和銅元年（７０８）の「平城遷都詔」によると、平城宮では「叶四禽図、三山作鎮」土地が選地の条件とされたことから、藤原宮の造営に当たっても東・西・北の三方にそれぞれ香具山・畝傍山・耳成山が位置する立地条件が宮都を営む上での重要な条件とされたことが想定できる。
大和三山を詠んだ和歌は多く、特に『万葉集』には中大兄皇子や柿本人麻呂の和歌をはじめ、持統天皇の「春過ぎて夏来るらし　白たへの衣ほしたり　天の香具山」など有名な和歌が多数収められている。『万葉集』のみならず『古今和歌集』や『新古今和歌集』など後続の勅撰和歌集にも大和三山を詠った和歌が数多く見られ、大和三山は重要な歌枕として、その観賞上の地位を確立していった。
さらに近世においては、『大和名所図会』などの地誌、案内記をはじめ、本居宣長の『菅笠日記』などの紀行文においても紹介され、万葉世界を代表する名所として広く知れわたるようになった。
明治維新に伴い、大和三山の一部は御料地として帝室林野局の管理下に置かれたが、第２次世界大戦後、多くの区域は国有林野として農林水産省の管理下に置かれた。アカマツからアラカシ、ヒノキ、リョウブなどが優占する林相へと遷移しており、全体として良好な森林の景観が維持されている。
以上のように、大和三山は日本古来の神々が鎮座する山として神聖視されるとともに、古代宮都の造営に際して精神上又は景観上の重要な意義をもち、歌枕に関わる名所としても遍く知られた。その地形と樹叢がもつ観賞上の価値、名所的・学術的価値はともに高い。