穆佐城跡は，宮崎県の県南中央部にあり，東流する大淀川右岸の標高約６０メートルの低丘陵上に立地する平山城であり，佐土原から都城を経て薩摩へ向かう薩摩街道上の要衝に位置している。
　穆佐城跡は，南北朝時代の争乱にかかわった城跡であり，戦国時代には伊東氏と島津氏が争奪を繰り返した城跡である。
　建武３年（１３３６），足利尊氏は一族の畠山直顕を日向国に派遣しており，『日向記』によると，畠山氏は穆佐城を本拠とし南朝方の制圧に努めたが，やがて南朝方の肥後の菊池氏に穆佐城を攻められて日向国を離れたという。その後穆佐城を含む川南（大淀川以南の地域）は島津氏の支配に属していたが，応永１９年（１４１２）に伊東氏が侵攻し，穆佐城も制圧した。これに対し，同３１年島津氏が川南の地に進出したが，文安２年（１４４５）に伊東氏が奪還し，以後約１３０年間穆佐城は伊東氏の支配下にあった。
　伊東氏と島津氏の戦いは，飫肥，庄内，真幸地方に拡大したが，元亀３年（１５７２）の木崎原の戦いで伊東氏が大敗し，天正５年（１５７７）伊東氏は大友氏を頼って豊後国に退去し，日向国は島津氏の支配するところとなった。翌天正６年に大友氏は日向国への南下を企てたが，耳川の合戦で島津氏に敗れ，以後島津氏は肥後，肥前，筑後，豊後へと勢力を拡大した。これに対し豊臣秀吉は，天正１５年大友氏の要請に応じ大軍を派遣して島津氏を下し，九州を制圧した。その結果，伊東氏に飫肥，島津氏に佐土原と諸県郡が与えられ，穆佐城は島津氏の支配となった。江戸時代元和の一国一城令以後は，穆佐城は薩摩藩の外城の一つとなったと考えられる。
　穆佐城の縄張りは，４つの郭群から構成されており，各郭群は大規模な堀切によって区画され，各郭は堅固な土塁を有している。城内の最高所に位置する郭群は，特に規模の大きい堀切と土塁によって守られていることから主郭部と考えられる。平成２年度〜６年度に実施された高岡町教育委員会による発掘調査によって，主郭部等から柱穴や１４〜１６世紀とみられる陶磁器等が検出されている。
　穆佐城跡は，自然地形を最大限に利用し，シラス台地に築かれた南九州における中世城館遺跡の特徴をよく示している。南北朝時代から戦国時代にかけての南九州の争乱から統一に向かう歴史において重要な役割を果たした城跡であり，かつ郭群，土塁，堀切等の遺構がきわめて良好に遺存している。よって史跡に指定し保護を図ろうとするものである。