村上城は中世、近世を通じて揚北地方（越後北部）における中心的な役割を果たした城で、標高１３５メートルの臥牛山に築かれた平山城である。
　中世における揚北は、城氏滅亡の後に入った各鎌倉御家人が勢力を伸ばしていた。奥山荘の中条氏、黒川氏、加地荘の加地氏などがそれで、揚北地方最北の岩船郡（小泉荘）には秩父平氏の本庄氏が入った。彼らは南北朝期以降にも、守護上杉氏の影響をあまり受けず、独自の政治圏である「揚北」を形成し、「揚北衆」と呼ばれた。
　小泉荘に入った本庄氏は南北朝内乱期には同族の色部氏と合戦し、敗れて「（本庄）持長城」が落城していることが色部文書等により分かる。ただし、当時の本庄氏の城については未詳で、この城が村上城を指す可能性もあるが、伝承をもとに、猿沢城（朝日村所在）であるとする説もある。室町時代以降、本庄氏は他の揚北衆に同じく反守護（上杉氏）の立場を鮮明にし、延徳元年（１４８９）、明応２年（１４９３）、永正４年（１５０７）と守護及び守護方の武将と数次にわたって合戦したが、永正４年９月、本庄城は火を放たれ落城した。この本庄城は臥牛山にある村上城を指すものである。
　天文８年（１５３９）、本庄房長は伊達・中条連合軍の攻撃を受け本庄城は落城、天文２０年（１５５１）になって房長の子繁長が本庄城を取り戻す。繁長は一時、上杉氏に従うが、永禄１１年（１５６８）３月、武田信玄の誘いに応じ、反旗を翻して、上杉輝虎の軍に包囲された。繁長は、「南方は深田洋々として湖水の如し、西は大海原、特に大河は郭をめぐり、地利無双の城地たり」（上杉年譜）とある堅固な地…