十二社神社の所在する藤森地区は大和高田市の東北部に位置し、大和平野に広く分布する中世環濠集落のひとつで、現在も集落の西半に濠が遺る。十二社神社は藤森地区の旧村社で境内は集落の西端に位置し、本殿は境内の西南隅に東面して立つ。藤森地区は談山神社所蔵文書等で明らかなように明治期以前は多武峯の社領で、社殿を多武峯から移築したとの伝えも残る。本殿の建立年代を示す史料は確認されていないが、土台側面のチョウナ痕、虹梁形頭貫の木鼻および手挟みの形状、垂木の上下面に反りがあり飛檐垂木側面に扱きがつくこと、縁腰組の持送りを一材で造り出していることなどは中世後半の形式を残している。