皆乗寺は、寺伝によると元禄７年（1694）に浄土真宗大谷派寺院浄見寺として創建された。元禄12年（1699）年に洪水で本堂が破壊され、寺地を移転し、宝永6年（1709）に皆乗寺と寺名を改めて、明和3年（1766）までに本堂・鐘楼・山門が建立された。現存する本堂・山門は、寺地を改めて文化14年（1817）に建立されたもので、坊守（住職の妻）の父である川原村の矢野永糺太郎左衛門が、妻の永代供養のため願主となり寄進したものである。その後も文政11年（1828）の洪水、明治9年（1876）の台風などで被災している。平成28年（2016）の熊本大地震では大きく被災し、地域住民の支援を受け再建の途にある。