黒瀧神社には、天文21年（1552）以降の棟札類があるが、記された社名は、黒瀧天神（天文21）、黒瀧天満大自在天神（慶安元、他）、黒瀧天満大自在天神宮（元禄2、他）とあり、天文以降は黒瀧天神の社名が定着している。森村の氏神で、明治期には村社に列せられていた。明治41年に周辺及び境内の各社を合祀し、今日に至っている。
　その由緒について、享保7年（1722）の上葺再興の際に、本殿内の棟札をもとに作成した「黒瀧天神年代記」と記す木札には、「抑当社者自昔山城国北野之天満大自在天神宮奉遷此處古人之申伝ニ日本六拾六天神宮之内ニテ山城国吉田之宮之雖有神帳ニ自往古之宮ニ而今般ニ無知人之矣　以因縁当社之神主中興六七十年以来京𠮷田ニテ雖料神蔵当社明神之役儀勤受ニ享保七壬寅当社明神上葺再興氏子共納殿之棟札改御鎮座以来ニ雖口伝無知人之ヲ　　仍古来之棟札ニ有来ル年号ノ目録ヲ記ス　年記享保七壬寅ヨリ正元己未迠四百六十八年也　今大宮慶安戌子建立ニ而今享保七壬寅迠七十六年也　見来棟札之事正元己未歳文正丙戌大永五乙酉天文廿一壬子慶安戌子元禄二己巳享保七壬寅　寛延四辛未」とある。末尾の「寛延四辛未」は享保7年に作成された年代記にその後追記されたものと考えられる。これによれば、当時現存の最古の棟札は正元元年（1259）であり、以下文正元年（1466）、大永5年（1525）、天文21年（1552）、慶安元年（1648）、元禄2年（1689）、享保7年（1722）となるが、現在、正元元年、文正元年、大永5年の棟札は確認できない。また、「今大宮慶安戌子建立ニ而今享保七壬寅迠七十六年也」とあって、享保7年当時、本殿の建立は慶安元戌子年（1648）と考えられていた。現存棟札等に記された造営主体は、森村の村役人層であり、黒瀧神社は森村の紐帯となる神社として維持管理されてきた。