近代に入ると佐賀城本丸や二之丸の施設は佐賀藩庁や県庁として使用され、明治7年(1874)佐賀の乱で二之丸･三之丸は焼失したが本丸は残った。本丸御殿はその後も裁判所や佐賀中学校、師範学校の校舎としても利用され、赤松尋常小学校が本丸跡地に移転してから新校舎が完成するまでの10年余りは本丸御殿で子供たちが学んだ。玄関や式台は大正9年(1920)頃に解体されたが御座間は残され、昭和32年まで赤松小学校の教室として利用された。そして平成16年には本丸御殿の一部を当時の工法で復元し、県立佐賀城本丸歴史館としてオープン。他所に移築されていた御座間も本来の位置に戻された。